朱载坖先为徐渭的行动背书，毕竟这是有些不宣而战的意思，大明在名义并没有征讨倭国，充其量算特别军事行动，所以朱载坖认为徐渭的行动是为了报复之前平户藩倭寇袭扰大明的举动，是有正义性的，也是能够有理有据的。

眼下就是朝廷应该怎么应对此事的问题，首辅李春芳、兵部尚书汪道昆等人都认为，此事到此为止即可，毕竟大明眼下的主要任务就是夺取佐渡岛，不宜将事情扩大化，这点得到了朱载坖的认同，朱载坖也不想将事情搞大，对他来说，将事情搞大没有任何好处，现在大明还腾不出手来与倭国全面交战。

所以朱载坖命令礼部和理藩院迅速拟定相关的文本，通过朝鲜晓谕倭国，大明之所以对平户藩动手，一来是松浦隆信之前袭扰大明，大明要予以惩戒，第二点就是王直及其麾下水手乃是大明子民，松浦隆信无故截杀王直，大明水师不得不予以自卫还击，大明希望倭国不要自误，要识时务，大明自然不会采取进一步行动，要是倭国不识时务的话，大明不介意对倭国展开大规模报复。

然后的问题就是如何安置王直及其麾下了，对于大明来说，王直是立了大功的，这么多年王直所进献的金银和铜料，对于大明来说是有极大的作用的，但是另一方面，朝廷内部很多人并不了解王直的作用，仍然认为他是海盗集团的首领，尽管他已经投效大明，但是仍然应当惩治他，这种言论在科道是很普遍的。

所以李春芳等人认为现在不宜对于王直大张旗鼓的表彰和委以重任，因为这样容易引起朝堂的反弹，冷处理为好，等到此事风头过去之后再作处断为好，李春芳等人的意思就是拖，但是朱载坖认为，有功不赏，容易寒功臣之心，必须要加以赏赐，至于应当怎么赏赐，等朱载坖召见过王直之后再说。

王直和毛海峰接到朱载坖的诏令之后，就快马加鞭从朝鲜赶赴京师，到了京师之后，先在礼部学礼礼仪，然后朱载坖予以召见，王直和毛海峰到文华殿之后对着朱载坖行礼说道：“海外罪民王直、毛海峰叩见陛下！”

朱载坖笑着说道：“王卿、毛卿都是为大明立下汗马功劳的，不必如此，赐座。”

朱载坖这才问道：“王卿、毛卿，今后有什么打算？”

王直赶紧说道：“陛下，蒙陛下天恩不杀，已是弥天大幸，安敢复有他望？”

在到京师的路上，王直就已经和毛海峰交代了其中的利害关系，现在他们不再是纵横海上的霸主了，回到大明，就要学会当个顺民，不要奢求其他的，以他们积攒下来的财富，朱载坖能够随便给一点闲职，让他们回到故乡，从此潇洒度日，岂不是好事？

所以无论是王直还是毛海峰，都坚决向朱载坖要求回到家乡当老百姓，朱载坖当然知道他们两人的意思，王直故意和松浦隆信大战，使得自己的船队遭到重创，不仅仅是向大明交投名状，也是向朱载坖表明自己不再有称霸海上的意愿。